Siglo XVI
1544. Pedro de Valdivia otorga Copequén en Encomienda.
La instauración de las encomiendas da paso a uno de los períodos más humillantes de la historia de Chile. Con ello se consolidaba el despojo de la tierra y la esclavitud de los indígenas.
El gobernador estaba facultado para repartir entre sus connacionales las tierras conquistadas y los indios que las habitaban, para que las trabajaran en su beneficio y, además, pagarle un tributo. A la vez, le "encomendaba" al favorecido proteger y evangelizar a los indios. Las tierras asignadas es lo que se conoce como Encomienda y como Encomendero al beneficiario.
Copequén fue asignado como encomienda por Pedro de Valdivia a Pedro de Miranda i Bidela (primer extranjero en Copequén), mediante un bando pregonado el 12 de enero de 1544. Al morir le sucedió como encomendero, su hijo Pedro de Miranda i Rueda.
1580. Rey Felipe II recibe noticias de la Doctrina de Copequén. Se daba el nombre de Doctrina de Indios a aquellas comunidades recién convertidas al evangelio cristiano y en las cuales aún no se establecía parroquia o curato.
El 15 de abril de 1580 el Ilustrísimo fray Diego de Medellín, tercer obispo de Santiago, como cada cierto tiempo lo hacía, envió una carta al rey de España, Felipe II, dando cuenta del estado del clero de su diócesis.
"Tiene Vuestra Majestad mandado que en cada flota se le dé aviso de los clérigos, que en este obispado residen, y de sus calidades y en qué se ocupan…"
Primeros curas doctrineros. En la nómina están los sacerdotes asignados en Coquimbo, Andacollo, Chuapa (Choapa), Rancagua, Peteroa, Melipilla, etc. y "Francisco de Ochandiano está ocupado de la doctrina de Copequén y otros pueblos, sabe muy bien la lengua de esta tierra…"
Otro cura doctrinero que hubo en el pueblo, que se menciona en otra carta del obispo Medellín a Felipe II el 18 de febrero de 1585 es "Pedro Gómez de Astudillo, clérigo presbítero, sirve la doctrina de Copequén, Malloa y Tagua Tagua…"